儿子非农业户口不影响父亲迁移农业户口至农村房产。分析：根据我国户籍管理规定，户口迁移主要基于亲属关系、房产所有权、就业等因素。儿子拥有农村房产并不直接决定父亲的户口迁移类型，但父亲若符合农业户口迁移条件（如与原籍农村有承包地关系、符合当地农业户口迁回政策等），可申请将户口迁至该房产所在地。提醒：若父亲迁移户口遇到困难，或当地政策有特殊限制，表明问题可能较为复杂，应及时咨询户籍管理部门或寻求专业法律人士的帮助。
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具体操作：1. 若父亲符合农业户口迁回条件，应准备相关证明材料（如身份证、户口簿、房产证、土地承包合同等），向当地户籍管理部门提交迁移申请。2. 若户籍管理部门对迁移申请有异议或拒绝办理，可咨询具体原因，并根据法律规定提出申诉或行政复议。3. 若涉及法律争议，如房产所有权争议、户口迁移政策理解分歧等，应寻求专业律师的协助，通过法律途径解决争议。律师可根据具体情况，提供诉讼或非诉讼解决方案，并代表当事人与相关部门沟通协商。4. 在整个过程中，保持与当地户籍管理部门的沟通，及时了解政策变化，确保迁移手续合法合规。
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处理方式：从法律角度看，处理此类问题的方式主要有两种：一是直接咨询当地户籍管理部门，了解具体的迁移政策和所需材料；二是若对政策理解有疑或遭遇阻碍，可寻求专业律师或法律顾问的协助，以获取更具体的法律建议和解决方案。选择建议：若对户籍政策较为熟悉，且迁移条件明确，可直接咨询户籍部门；若情况复杂或涉及法律争议，建议寻求专业法律人士的帮助。