不交合作医疗不应影响小孩上学。合作医疗是医疗保障制度，与受教育权无直接关联。法律保障适龄儿童、少年的受教育权，任何单位或个人不得非法限制。若发现学校因未交合作医疗而拒绝孩子入学，问题已较严重，应及时咨询教育部门或法律专业人士。
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从法律角度，针对不同情况，处理该问题的具体操作如下：1. 若学校明确因未交合作医疗而拒绝入学，应收集相关证据，如学校通知、对话记录等，与学校管理层沟通，指出其行为违法，要求立即纠正。2. 沟通无果后，可向当地教育部门提交书面举报材料，详细说明情况，附上证据，请求教育部门介入调查并纠正学校行为。3. 若教育部门处理不力或学校仍不改正，可咨询律师，准备起诉材料，向法院提起诉讼，要求学校赔偿因侵犯受教育权造成的损失，并责令其停止违法行为。在整个过程中，保持冷静，依法维权。
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从法律角度看，针对不交合作医疗导致小孩上学受限制的问题，常见处理方式有：一是与学校沟通，明确法律依据，要求纠正错误做法；二是向教育部门举报，由其进行调查处理；三是寻求法律援助，通过法律途径维护权益。选择处理方式时，应根据具体情况，优先考虑沟通解决，若无效则采取举报或法律途径。